前后激战二十四天，“东山贼”被全部歼灭，叛军首领何士荣被押送到巡抚张朝珍处，斩首示众。
　　张朝珍将于成龙的平叛经过，写成详细奏文，向朝廷报捷。这件事给圣祖留下了深刻印象，七年后，即康熙二十年，于成龙在直隶巡抚任上进京陛见时，圣祖还特别问起：“卿在黄州，怎么就敢单人独骑，深入巢穴，将土寇招抚？
　　于成龙只回答了一句话：“此皆皇上威德，臣有何能！”
　　日期：2021-03-23 14:42:13
　　时间到了九月，圣祖已等得不耐烦，特派侍卫吴丹、塞扈立前去荆州，向勒尔锦等人传达他的指示：

　　朕一再给你们发去指令，所言似合机宜，又两次派遣侍卫来荆州，向你们面授机宜，至今未见你们回奏。大将军出征，战事进止调度。一定要等待朝廷发令，这是自古没有听说过的事。因你们与贼相持，朕不顾时间忙否，已屡给你们敕谕，或期望对你们有所帮助，这并非是朕从中干预。你们刚出兵时，兵力不能说不足，今四路征讨，你们亦知之。
　　四川一路军已夺取朝天关、阳平关，在保宁城与贼相拒，这同岳州的情况是一样的，你们不要以为四川兵将抵贵州，湖南兵就可以缓进，其实保宁城较岳州城更为坚固。
　　康亲王杰书虽在浙江屡奏捷，朕不以为喜。吴三桂乃贼首，唯有攻破岳州、澧州，才值得高兴。你们初到军中时，就说“马未肥”，又说“天热多雨难行”。如今时节正是可行之际，你们或攻取岳州，或渡江取澧州，或令将军尼雅翰拐往江西取长沙，此三件事，你们诸将帅要深思熟虑，议定后向朕报告。你们要勤勉，拿出良策，朕将欣闻捷音。
　　日期：2021-03-23 16:08:17
　　圣祖的语气虽然相当缓和，但是勒尔锦等前线将帅已然感受到温和中的严厉和分量。其实，圣祖之所以从众多王亲宗室中选中勒尔锦统兵出征，主要还是看中他行事谨慎，思虑周密。但是，又希望他能展露勇略，突破自己，制造意外惊喜，故而，常用催促、责备的语言激励他。

　　几天后，圣祖指示已到岳州前线的贝勒尚善：“若岳州可取，即速进兵，如势有未便，不宜轻动。”
　　尚善接到谕旨后，立即回奏：他们正在准备进攻岳州的战具，岳州的吴军已加强了防御措施，部属周密，无懈可击。他们打算移营进兵，又怕正值雨季，江水泛涨，营垒前后，都被水包围，而且双方船只相距很近，荆河口则在清营后侧，吴军又占据上游地段，不免令人十分担忧。
　　恰在此时，勒尔锦又急报：吴军在松滋县北山，又增添了四营兵马，沿江一带，贼船日增，恐水路齐犯荆州、彝陵。
　　圣祖得报后，见勒尔锦、尚善两处清军都有困难，他只好同意等待机会，加强防守，暂停进攻
　　日期：2021-03-23 17:32:40
　　圣祖见岳州实难攻取，开始把主要进攻目标转移到了长沙。他认为长沙是岳州粮饷、战船战具等物资的后勤供应基地，如果夺取长沙，则岳州必不能久持。

　　为提高战时效率，圣祖特命整饬驿站，每四百里置一笔帖试，接递军报，探发塘报。命左都御史多诺等军前督饷。
　　圣祖还下谕兵部会议：因平叛需要，令内外满汉官员捐杆（鸟枪）加一级。生元捐三十杆、闲散弟子捐四十杆，准进入国子监读书。富国捐四十杆，给予九品顶戴。
　　圣祖于九月委任安亲王岳乐为定远平寇大将军，令他由南昌进驻袁州，先攻取吴军已占据的江西萍乡，再相机进取长沙。为了使岳乐进取长沙无后顾之忧，圣祖又委任年仅二十岁的简亲王喇布为扬威大将军，令他率部由江宁进驻南昌，接替岳乐在江西的防务，防止吴、耿两军打通江西，并负责岳乐大军补给线的安全。
　　日期：2021-03-23 18:32:50

　　安亲王岳乐，年刚五十岁，是清太祖努尔哈赤的孙子，圣祖的堂叔。曾跟随肃亲王豪格征讨四川张献忠，久历征战，颇具谋略。因而被圣祖寄予厚望。
　　安亲王岳乐率部进驻袁州的同时，耿将邵连登所部持续侵犯江西东部的南丰、广昌、宁都、崇仁、宜黄、乐安诸府县，袁州附近的一部分棚居山民也与之相呼应，谓之“棚寇”。安亲王岳乐据此向圣祖上疏：兵部移文令臣速取长沙，但江西所在贼扰，人心未定。臣若率师往萍乡、长沙，则江西兵单可虑。今或进取长沙、或先灭江西诸贼，请旨遵行。
　　圣祖很快回复：“岳州实难攻取，若不速取长沙，恐贼复增守备。先令分兵留守江西各要害处，速取长沙！”
　　日期：2021-03-23 19:51:38
　　岳乐仔细分析了当前形势，认为吴军战斗力本来就强，现在气势正盛，如果先攻萍乡、长沙，与吴军正面交锋，即使胜利，所得的土地也不容易保住，不如先攻江西，既稳定了后方，又切断了吴藩与耿藩的联系。于是，岳乐又上奏疏：江西形势，为广东咽喉，江南、湖广要冲。现今三十余城为贼盘踞，且醴陵逆贼造设木城，增伪总兵十余人，兵七万，猓猓（彝族）兵三千坚守长沙、萍乡诸处。臣若撤抚州、饶州、都昌防兵往长沙，则诸处复为贼有，不撤，则兵势单弱，不能长驱，且广东诸路亦多阻。臣欲先平江西贼寇，无后顾之忧，然后分防险要，率师前往（长沙）。

　　这时，定南将军希尔根也向圣祖奏报：耿伪将军陈升联合地方土寇郭应定等兵犯赣州，臣与副都统甘度海等统兵迎击，大败之，复南康、龙泉等地。至于所复地方，望令总督、提督发新募兵速赴军前，以资守御。
　　日期：2021-03-23 20:48:23
　　圣祖鉴于江西形势确实不容乐观，不得不在上述问题上稍稍让步。他回复岳乐说：逆贼吴三桂久据湖南，致其余各处贼势猖獗，湖南一隅贼根固，四方群寇所观望。必速灭吴三桂，则各地小丑闻风自散。今荆州兵未能渡江，而岳州兵又难骤进。王抵江西，宜由袁州直取长沙，一则断贼饷道；一则分贼兵势；一扼广西咽喉，一固江西门户。王宜将江西要地速行整理，稍有就绪，即进取湖南，勿得坐视。致误机会。

　　安亲王岳乐收到圣祖的回复，总算松了一口气，之后，他开始集中兵力，全部用于江西各地的平叛上。
　　实际上，由于南方平叛久拖不绝，已经影响到了清朝国境外的周边形势。
　　日期：2021-03-23 21:33:25
　　还在七月份时，两广总督金光祖就曾密报：“交趾（越南）知孙延龄叛逆，乘机蠢动，陈兵边界，其情叵测，请加防御。”