所幸之前永历帝派去联络广西以作退步的太监庞天寿，接到永历帝的密旨，命令提前于古泥造船数十艘以供接应退步。于是，逃难的永历帝一行人顺利的通过古泥江直至柳州。大家都认为暂时脱离了危险。然而永历帝与诸臣前脚上岸，后脚就遇到了兵灾。原来湖南有个苗人土司叫覃遇春，跟着何腾蛟共同在湖南防守清军，由于明军兵败退入桂林，覃遇春居然陈兵桂林城外索要粮饷。翟式耜和何腾蛟对此人这种行为深恶痛绝。等到覃遇春走后，二人传檄密令柳州守将熊文明暗中收拾掉此人。毫不知情的覃遇春带着残兵来到柳州，熊文明假装请其喝酒，并趁机解散了覃遇春的部曲，乘着酒醉将覃遇春抓住，送至桂林杀死。等到永历帝一行到达古泥之时，覃遇春之子覃鸣珂率部居然跑来向永历帝为其父伸冤。

　　众大臣忽然听闻此事，不知道其中曲折，都推说不知。覃鸣珂大怒，率众苗兵攻击杀父仇人熊文明部。熊文明猝不及防，败走逃入柳州。而覃鸣珂一不做二不休，率苗兵四处烧杀抢掠，弄得四近鸡飞狗跳，百姓携家带口，四处逃难。永历帝一行见二人忽然莫名其妙大战一场，急忙躲入舟中相避。而双方弓箭甚至有射到永历帝所乘传中的情况。甫一脱险的永历帝与众臣又落入危险之中。好在苗兵杀掠一番，见城坚不可攻，才由覃鸣珂率兵引去，不知所踪。

　　日期：2014-10-10 20:30:49

　　十一月，永历帝一行见危险已经远去，前往象州。太监庞天寿这时从桂林率兵前来迎扈圣驾前往南宁。郝永忠、卢鼎等听到这个消息都到了南宁。何腾蛟、严起恒、刘湘客等人也都赶来陛见，与翟式耜等人商议分地供饷，以供应诸将好各自防御清军。此时清军已经攻破永州。然而明军借清军攻击湖南的时间，也在积极的收复失地。翟式耜借助桂林的守备兵力率先攻复阳朔和平乐；陈邦传也由宾州收复浔州，并且合宾、浔二州兵力收复了梧州。于此，广西全省复为明军所得。虽然湖南、湖北已经被清军占领，占据广西如同饮鸩止渴，但七拼八凑的明军于永历元年年末终于得到了休整的时间，就连四处奔逃的永历朝廷也终于得到了喘息的机会，这简直可以说是一个奇迹。

　　永历二年（1648年）正月，永历朝廷以南宁城中将府署作为行宫，所余文武百官在行宫对永历帝进行朝贺。永历帝以王化澄、严起恒、翟式耜入阁为相；以董天阅掌户部；晋马吉翔为执金吾（负责拟旨以及文书往来）；太监庞天寿掌司礼监事；晋陈邦传为庆国公；以赵台为巡抚，征调兵饷。并命令何腾蛟督师出全州以抵御清兵。
　　永历帝与朝中诸臣商议方定，众人席未暇暖之时，山中土寇又来侵袭。横州土寇徐彪、李雅等人倾向清军，率领手下以飞镖药弩，遏制明军江道。起初永历朝廷不以为意，调陈邦传部一队兵马入山剿寇，结果被土寇打得全军覆没。再调赵台部的精兵去镇压，结果也被打败。永历帝又是气愤又是无奈，最后派禁军统帅林时望带禁兵三千去限期扑灭土寇。
　　林时望倒是很争气，出其不意一下子杀死土寇千余人。可是林时望也在战斗中负了重伤，三千禁军看见统帅受了重伤也方寸大乱。徐彪等人所率领的土寇此时兵屯老寨山头，鸣金为号，各路土寇人马足有好几万蜂拥而起。眼看林时望及其所部三千禁军又要全军覆没，所幸连续数日天降大雨，土寇们赖以克敌制胜的飞镖药弩派不上用场，林时望部三千禁军才得以勉强脱逃。（此时永历朝廷的武装力量连山贼土寇都打不赢，又要分兵去抵御清军，实在是无奈至极。）既然拿徐彪、李雅这帮人没办法，只好派人去问徐彪等人的要求。结果永历朝廷和这帮土寇达成了协议，永历朝廷花银子去安抚这些山贼土寇，名义上是徐彪、李雅等人归顺朝廷，实际上最多也就是花钱买平安，土寇们不至于阻碍江道而已。

　　而另一边的川陕局势也起了变化，清帅肃王统兵于丙戌年（1646年）年冬天到达汉中。张献忠手下将领刘进忠、林时太举得摇黄贼袁韬等人不能成事，就撺掇袁韬不如大伙一起引兵出保宁，去山西投降清军。袁韬没怎么想就同意了。结果到了柏林驿，袁韬又突然中途反悔了，率兵马和刘进忠打了起来，之后自顾自的率兵回头退入巴蜀。刘金忠率部前进到沙河驿，正好遇到肃王所率领的清军，就投降清军作为先导部队。

　　肃王问张献忠的所在。刘进忠说：”在顺庆之金山铺，军营占据西充、盐亭二县地方。距离这里一千四百里，疾驰五昼夜可到。“清军按刘进忠所指示的方位赶来。张献忠此时兵马甚众，旌旗遍野，颇为自负，根本就没有派斥候部队去侦察，也就无从知道清军大队人马前来找他晦气。而且清军此时所派的先锋部队都是刘进忠的人马，并没有换上清军的盔甲服色。于是张献忠的大西军莫名其妙的就遭到了突然袭击。部下跑去告诉张献忠，张献忠自以为是的认为是摇晃贼来骚扰，就随手杀了来禀报信息的部下。清军的部队越来越近，张献忠部下兵丁又来禀报，张献忠又杀了前来禀报的人。一直到清军靠近大西军的大营附近，张献忠才带着部队出营察看情况。刘进忠指认张献忠给清军中善射之人认识。清军按照刘进忠的指示数箭齐发，张献忠应声中箭下马，逃跑不及只好躲藏起来。

　　清军前锋部队本来人数并不多，并没有想到真能射伤张献忠。此时清军前锋部队与清军肃王本阵相距两百余里，清军大部兵马尚来不及赶来，只有拼死一搏。清兵就趁乱抓住了张献忠的近侍，逼问张献忠的下落。近侍指向旁边的柴草堆，清兵赶紧上前，从草堆中拖出了负伤的张献忠，乱刀杀死。于是，大西军见老万岁张献忠顷刻之间被杀，方寸大乱。清军见状，高声大喊：”张献忠死啦!“，并且立马派人通知两百里外的肃王。大西军听到这个消息，立刻士气全无，混乱成了一团。张献忠的四个养子：孙可望、李定国、刘文秀、艾能奇领着所部兵马在混乱中溃退。

　　再此之前，张献忠率部入蜀后，本来打算占据四川自守以观望天下局势。然而蜀地百姓对于张献忠并不欢迎。而张献忠又是个杀人不眨眼的主，进入成都之后就开始搞大屠杀。先是借着开科取士之名在成都屠杀了全四川近全部书生文人（一万七千多人），又将所占州县无论城中乡野尽皆屠戮殆尽，就连躲避山中的百姓遇上大西军也难逃一死。张献忠屠城屠出了快感，对于保宁等郡县屠杀过之后又再屠杀。如此屠之又屠，百姓哪里禁得起这样的梳篦？大西军的这次大屠杀所杀百姓以川西最多，川北次之，川东南大西军所过之处也遭到了屠杀，其它地方也有少部分也由于大西军的兵马来到而惨遭屠戮。　　

　　因为屠杀得太过凶残，川中百姓大部分被害，使得各处土地根本无人照应。就是勉强逃过大屠杀幸免于难的人，也因为此时的四川到处兵荒马乱而根本无心去耕种庄稼。自张献忠入川以来，各股势力连年征战，粮食早就消耗光了，而且又没有人种庄稼，此时的米全靠土司供应。成都重庆的米价暴涨至银子四、五十两一斗，就是又大渡河和越隽地区接济的雅州也要十多两银子才能买到一斗米。保宁由于有清军运输到陕西的粮食，也要十余两银子才能买得到一斗米。成都等地未遭杀害的百姓多数都冒死逃向雅州或者土司的领地，以求活命。沿途也没有粮食可耻，唯有采野菜充饥，多有饿死路边者。而饿死者尸体手臂和大腿的肉也顷刻被人割去吃了。不去雅安而留在当地的百姓，也到了互相杀死对方以获取食物的地步。