永历朝廷做出职务调整，升擢杜永和为兵部尚书，驻广州，总督两广。朱由榔让南阳候李元胤保护行畿，李成栋的部将杨大甫封为乐安伯；罗成耀封为宜城伯；马宝封为安定伯，四人共分李成栋的部曲，四处援剿，对抗清军。又让都督车任重镇守惠州和潮州。总兵张世新、张祥等人也在各地分兵守汛。又让黄河清掌管司礼监，原来掌管司礼监的庞天寿总督禁军勇卫营，提调兵马，参与恢剿。还让文安候马吉祥兼管戎政营。同时收用原来绍武朝廷所征召过的郑、徐、石、马四姓海盗余党，开始准备训练永历朝廷自己的水师。并封新会的王兴为高明伯，让其招募义旅。勇卫营的统领林时望也被封为勇毅将军。从这些人事变动可以看出，永历朝廷开始不满足于自己薄弱的兵力，除了指定的防御部队之外，加强机动兵力的配置，并同时笼络一切有可能的势力为自己所用，募集义旅作为备用兵力。可能是因为和鲁王政权的战略合作，因为江西失陷而没有成功，竟然开始筹备永历朝廷自己的水师。此时虽然李成栋已死，但是从这些举措来看，永历朝廷依然在正常运作，起码还在加强对勇卫营和戎政营这些直属兵力的控制，局面看起来还不是那么糟。貌似以目前控制的广东、广西外加何腾蛟、堵胤锡所恢复的湖南部分地域，永历帝此时手中的牌还没有差到完全不能打的地步。只不过因为清军攻占了南昌，失去了金声桓部在江西对清军的牵制和骚扰，错过了和鲁王政权的合作机会而已。虽然没有借机兴复明室，但是对于永历朝廷来说其实也并没有什么太大的损失。

　　自永历三年（1649年）二月开始，清军却并没有一刻放松对忽然强势起来的永历朝廷进行反扑。刚刚被恢复的长沙至湘潭一路，又被清军攻占，马进忠等人败退南向。堵胤锡防守的衡州和永州也被清军再次占领，堵胤锡无奈退保道州。焦琏、杨国栋等人率部据守榕江。从茶陵败退的李赤心，高国勳部所率领的忠贞营则败逃入广西。永历朝廷此时好不容易从战略上刚由守转攻，又因为清军大举进逼以及金声桓和李成栋的失利而再次转为战略防守。就在这节骨眼上，云南的大西军也派杨畏知、龚彝、潘世荣等人从贵州普安由泗城入粤，前来找永历朝廷要求封官。杨畏知等人说大西军孙可望有意归顺，其所部大西军目前兵强将勇，可以一鼓而收江楚，甚至可以北定中原。但是孙可望起码要封个王爵才肯归顺明廷。杨畏知又站在永历朝廷的角度说孙可望等人拥兵甚众，可藉以为朝廷所用，何必要珍惜用个封号去收买孙可望等人的人心,反而给自己在西边再树个强敌呢？永历帝觉得有些道理，但是一时也没想好该如何回复，就传诏廷议此事。众臣议论纷纷，觉得大西军流贼前来归顺，效忠朝廷虽然是件好事，但明朝历来也没有因此而封王的先例，或许可以考虑先封伯封候，甚至是封公。但是众臣商量竟日，却始终没有个定论。由于耽搁的时间太久，杨畏知、龚彝、潘世荣等人觉得大西军领导层表示拥戴的诚意已然说明，而永历朝廷议论到现在都没有结果，可见此事不成，就都偷偷跑回了云南。

　　而刚刚反正的李成栋所部也因为李成栋的死而起了内讧。虽然李成栋所余部曲已分给了李元胤、罗成耀、马宝、杨大甫四人掌管，但是李元胤密奏罗成耀谋反。永历朝廷设计将罗成耀擒杀，罗成耀的兵马又分给了李元胤、杨大甫、马宝三人掌管。结果又有人向永历朝廷举报都督潮、惠二州的车任重谋反，永历朝廷又将车任重擒杀，并将其兵分拆给各部。未满一个月，永历朝廷自己杀掉了两名镇将，清军却于此时正在疯狂反扑，一时之间人心震怖，不知道永历朝廷这到底是要打算干吗？

　　到了永历三年（1649年）六月，败退到广西的忠贞营开始在梧州作乱，焚烧虐杀，无恶不作。梧州百姓猝不及防，被逼带上家小，背井离乡四处逃窜。这李赤心和高国勳原来都是李自成的部下，率领着残留在此的贼党在湖广一带，号称高李十三家。继续干着流贼那种烧杀抢掠，杀人越货的买卖。前段时间，堵胤锡正在带着明军恢复湖广，见他们人多势众，就顺手把这到处为祸的高李十三家招抚为李赤心和高国勳统领的政府军。堵胤锡还上疏要求永历帝封李赤心为兴国公，高国勳为勳国公，并同时晋升各路督镇，指望靠这些人来协助守御湖南。并给李赤心、高国勳这枝兵马起名叫忠贞营。谁想到李赤心和高国勳退回到广西之后，不知道从哪又纠集了些人出来，在梧州又干起了流贼的老勾当起来。此时防守广西的庆国公陈邦传见李赤心和高国勳的忠贞营势大，飞疏报告永历帝知晓。

　　永历帝不了解内情，觉得解铃还须系铃人。只好把堵胤锡召到肇庆，给他弄个入阁的名头，让堵胤锡以阁部督师的身份去召集忠贞营的兵马，还想让他再带着这帮贼性难改的家伙回湖南去抗清。并听从李元胤的建议将杨大甫部移至封川以防万一。李赤心和高国勳本来只是流贼出身，此时只是带着忠贞营从梧州往东方向抢掠，并未打算兴兵犯阙，抢掠一空之后又向别的地方而去。封川的杨大甫却率部要击李赤心、高国勳的忠贞营，将忠贞营贼党后面的五千人反而逼得向东面去了。这五千人又到处烧杀抢掠，弄得到处鸡飞狗跳。此时李元胤又跳出来请朝廷以同谋作乱召杨大甫回肇庆，杨大甫不明何事，赶紧回到肇庆，结果刚到肇庆就被魏豹给缢杀。杨大甫的部曲又被李元胤和马宝瓜分。李成栋旧有部曲如此在不到半年时间内被数次瓜分，兵员不但大大减少，就是士气也受到了极大的影响。

　　镇守广西的陈邦传因为地面上有横州徐彪和郁林梁士奕两拨土寇而头疼不已。徐彪和梁士奕都聚集人马，划地自守，名义上说是保护乡土，实际上却是根本不服从永历朝廷的管理，啸聚山林。（横州徐彪一伙人在我们前面的章节曾经提到过，曾在永历二年初用飞镖药弩将陈邦传所派去的人马打得全军覆没，就是最后永历朝廷派上林时望带着禁军去差点也都给徐彪打得没回来。只好花钱招抚才算了事。如今永历朝廷虽然东迁，而清军尚未南来，但徐彪一伙人依然纵横广西，无人能制。）陈邦传吃过徐彪一伙人的苦头，再加上另外有郁林的梁士奕一伙同时存在。陈邦传想去征剿又怕打不过土寇，想去招抚那就完全是花钱买平安，治标不治本。

　　正好李赤心、高国勳的忠贞营往他这里来了，陈邦传虽然和李赤心等人结盟以共同征讨徐彪等人，实际上是打算借忠贞营的兵力去对付徐彪等土寇。忠贞营就这么明目张胆的分散到横州和宾州境内，到处烧掠扰民，百姓不堪其苦。弄到后来，就是陈邦传自己也受不了忠贞营这伙流贼了，本来是打算驱虎吞狼，从中渔利。可是结果发现狼还在那，虎却闹得比狼还凶得多。正好朝廷下令让堵胤锡以阁部督师的身份来召集忠贞营去湖南抗清。陈邦传在暗地里高兴终于有人来替他背黑锅，去接忠贞营这个烫手山芋了。堵胤锡到广西再次传檄招抚忠贞营。可是忠贞营本来就是流贼出身，虽然前次受招抚前去湖南抗清，可是在茶陵被清军打败退回广西之后，这些人就只打算相对安稳的找个地方去生活，抢掠百姓比起和清军作战那可是轻松多了，所以堵胤锡屡次发檄，但是始终无人响应。忠贞营虽然不赴征召，却时时派人进贡，永历朝廷对其也是无可奈何。