五月二十七日夜，方国安在营中得知这一消息，这草包并不知道封锁消息，而是公之于众。方国安传令二更集中船只，三更起火做饭，打算撤退。又迁怒于所部将士不尽力打仗，认为都是因为这些人 的家眷随军所造成。还对部下说要杀尽营中妇女儿童，然后解散部下诸营。一时间众人闻言四散逃命，拼了命的争相把船停入坝中，喧哗不已。虽然方国安的侄子方元科认为兵不能散，并且连杀二三人示警。但是由于方国安话已说出口，逃跑的士兵及其家眷数量太多，像开了闸的洪水一样止都止不住，也就只好听之由之。一夜之间，潭头、七条沙一带方国安所部诸营逃得一干二净。

　　五月二十八日夜，绍兴城中的鲁王朝廷接到报告方国安部溃退，原因是清兵已经渡过钱塘江。与此同时，由于方国安部逃散士兵到处传播消息，以讹传讹，沿岸诸营以为钱塘江已经失守。这些原因外加本来粮饷就不及时（而且兵力最多的方国安都逃了），诸营士兵士气全无，溃散惊逃。还有几个将领，如郑遵谦、钱肃乐等直接弃兵逃到了海上。

　　绍兴城中起初还以为江上诸营尚未受到波及，清军过江的人数还为数不多，似乎还可以兵力抵挡。阁老陈盟还要求鲁王朱以海火速发诏书至前线，说鲁王要亲征，以抵消负面消息带来的影响。不料方国安所部逃散兵马及逃兵家属七零八落，堵塞了绍兴城内外，根据逃兵们带来的消息，江干防线已自行崩溃，前线士气全无。城中诸文武以及士绅百姓得知清兵已经渡江，争相逃往山间躲藏。
　　二十九日，江干防线已经形同虚设，唯有王之仁与张名振两人治军严谨，所部士兵还坚持在防御阵地上。张国维等人惟有哀叹痛哭:“坏天下大事的就是方国安这个家伙啊！”其实，及时没有清兵渡江和方国安部的溃散，明军也会因为长时间踞守且粮饷缺乏而自乱阵脚。士气低落的江上诸营只是因为方国安部溃散这个诱因而产生连锁反应。终究其本身的原因，还是分饷分地造成了的粮饷不均才是狼还没来，众人就已经四散而逃的主要因素；而明军陆战素来不敌清军，尚未接战就已胆寒则是次要因素。

　　三十日，清军驱满汉兵士十万人渡江。鲁王朱以海让宫内眷属自行出逃。狼这才是真的来了。这时候的方国安也领着少数亲兵抵达了绍兴。起先，此人还跟鲁王吹牛说要死守绍兴。而未过片刻，方国安就领兵半是押送半是推搡的把鲁王朱以海给弄出了绍兴城。原来，好久未露面的马士英一直随在马士英军中，这时候他教唆方国安：反正鲁王政权已经大势已去，不如将鲁王挟持而去，作为降清的见面礼。本来，到这一步马士英的算计就可以算是成功了。可是人算毕竟不如天算，看守鲁王的那位士兵患了急症（也许是良心发现想装模作样放鲁王朱以海一马）。这名士兵忽然倒地昏了过去，鲁王朱以海一看大喜过望，撒丫子狂奔而去，也顾不上帝王的仪态了。及至方国安、马士英发现时，却又哪里找得到鲁王的踪迹？

　　就在鲁王被方国安劫走的同时，张名振和张国维知道大事不妙，连忙两人一起带上兵马去追方国安，为鲁王护驾。同时命令战船下海并且立即出海，至舟山、石浦、定海、三处屯扎聚集。张名振等人追至黄石岩，发现方国安和马士英已经截断所过之桥而去。张名振等人颇为自责。哪知道此时逃脱监禁的鲁王朱以海，竟然自行赶上了张名振手下还未撤离的战船！（这位鲁王放到今天一定是一名野外生存外加步行长途跋涉的高手），并且朱以海还传命张国维以所剩兵马防守清军进攻。于是鲁王朱以海由张名振等人扈驾，顺利乘船逃离了即将成为战场的绍兴，携带着家眷从定海出海，过东阳直达石浦，暂时起码安全有了保障。

　　丙戌年（1646年）六月二十五日，清军攻陷义乌，众人劝退守东阳的张国维入山。张国维知道陆战防守已经无法可想，又无处可退，就自具衣冠，从容赴死。马士英带着家眷躲在嵊县的大岩山中好几天，自觉无处可逃，逃进四明山中的金钟寺剃发，想做和尚了结此生。结果清军搜查到了此处，马士英没奈何只有投降了清军。清军知道马士英与方国安交契，让马士英去招降方国安。
　　此时的方国安带着亲兵以及侄儿方元科渡过黄岩，正与清军隔江相对。清军以前锋部队渡黄岩追击。方元科尚欲杀尽妻妾，决一死战。方国安则是犹豫不决。恰好此时清军派来招降的马士英来了。马士英与方国安畅谈良久，方国安所部及方氏一族一并降清，一夜衣衫尽白。
　　再说阮大钺。本来与马士英狼狈为奸的阮大钺，在鲁王政权建立初期因为诸臣不接纳，就跑到了金华的朱大典处避难。然而金华士绅百姓痛恨阮大钺结党卖国，也不容他呆在朱大典的军中，还到处张贴檄文逼朱大典赶阮大钺滚出金华。朱大典无奈，只好让其离开。
　　阮大钺因为这件事颇为生气，曾经跑到方国安营中盘桓数月。天天和马士英谈兵论道，自吹自擂，哄得方国安喜不自胜，以为得到了堪佐王辅帝的旷世奇才。马士英和阮大钺一看方国安甚是信任，就撺掇方国安劫掠金华，几乎让方国安和朱大典兵戎相向。待到丙戌年（1646年）六月，清兵渡江，阮大钺立刻就跑去赶早投降了清兵。
　　与阮大钺同时投降的还有一大批文官武将。而许多骨鲠之臣和衣冠缙绅多以殉国告终，惨烈忠贞，并不亚于金陵之变。最早投降的苏壮、宋之普、谢三宾等人加上阮大钺为了表示效忠于清军，却自告奋勇的要求协助攻破金华以自效。　　

　　防守金华的朱大典得到钱塘江上军溃的消息之后表现得颇为惶急。没过两天又知道清兵已经渡江，朱大典知道浙东诸郡定然防御不住。而金华四近多为平地，城外布防又怎能挡住清军铁骑？然而朱大典虽然粗鲁少智慧，想握权柄而无手腕，但毕竟是崇祯帝以来的宿将。怎么说也是没吃过猪肉也看过猪跑。于是，朱大典镇定地决定死守金华。在其努力之下，金华坚守逾月，时不时的还从金华城中出奇兵，杀伤清兵。虽然外无援军，然而城中无一人叛降。清军无奈，以火炮轰击城池，而金华城中也以火器还击，只见金华城内外笼罩在一片火药的硝烟味中。清军又日以继夜的派士兵攻城，明军守城将士疲乏日甚，然而金华城依然无法攻陷。

　　就在这个时候，成了汉奸的阮大钺贼头狗脑的跑出来向清军献策。原来 ，阮大钺曾经在朱大典军中（朱大典那个时候还视其为心腹）。朱大典曾经领着他巡视城防，指着西门对手下将士说：”西门这里是新筑的城门，砖石土基尚不坚固，要严加防备。“说者无心，听者有意。阮大钺默记下了这个金华城城防的弱点，在这屡攻不下的时候厚颜无耻的向清军告密来了。
　　清军按照阮大钺告密所说，调集所有火炮集火金华西门，城门果然被攻破。朱大典知道这时候已经无可抵御了，就将家眷全部投入井中，自己与剩余的守城将士和自家门客在火药库中坐成一圈，然后自爆殉国。自此，清军逐步将浙江一省明军势力消灭殆尽。除了明军海上水师，清军因为屡战不敌无法招惹（也不敢招惹）之外，鲁王朝廷在大陆已无半寸土地，开始了到处漂泊的生活。